最寄り駅を探してくれ、その駅の自分の乗りたい電車の発車時刻まで何分かをカウントダウンしてくれるアプリがあります。乗れそうにないなと思ったら、次の電車を選ぶこともできます。
このアプリのいいところは、地下鉄などの電波の届かないところでも使えるところです。しかも無料です。使用前にはあらかじめ、ネットの使える環境で、駅の時刻表をダウンロードしておく必要があります。

「駅.Locky」
http://eki.locky.jp/

ダウンロードはiTunesから
http://itunes.apple.com/jp/app/id335126084?mt=8



もちろん、自分のiPhoneの時刻が正しくなければ、正確な情報は得られませんので、ご注意ください。

参考：
「iPhoneの時刻を正確に合わせる方法」
http://sns.yokohama150.jp/blog/blog.php?key=23341